לימודי תואר שני בהנדסת מערכות, הזהה לתוכנית הלימודים הקיימת ופועלת בטכניון שנים רבות, אך נפרדת ומותאמת עבור קבוצת סטודנטים ייחודית – קציני צה"ל. משתתפי התוכנית יחויבו להיות בעלי סיווג בטחוני מתאים ותקף.
התוכנית מיועדת להכשיר את הסטודנטים לנהל באופן מערכתי פרויקטים ביטחוניים מורכבים. חלק ניכר מהדוגמאות, ההמחשות והתרגילים שיוצגו בתוכנית, וכן פרוייקטי הגמר והעבודות המעשיות, יתמקדו בעולם התוכן הביטחוני. המרצים בחלק מן הקורסים שבתוכנית הלימודים, מעבר להתאמה האקדמית, הם בעלי הכרות של התחומים הרלבנטיים.
התוכנית ממומנת על ידי תרומה נדיבה של ד"ר בוב שילמן, מארה"ב, ומימון משלים ע"י מפא"ת, משרד הביטחון, כפי שאושר ע"י תא"ל (מיל.) ד"ר דני גולד, ראש מנהלת מפא"ת.
